Plus tard, vers la deuxième année des hostilités, il est apparu que les Jedi étaient en nombre insuffisant pour diriger une armée aussi imposante. Il fut donc créé par les kaminoens une toute nouvelle lignée de commandants plus aptes à diriger l'armée de clones. Ces commandants étaient plus indépendants que la moyenne mais aussi plus intelligents et plus vifs. Certains des commandants les plus célèbres ont assisté personnellement les Jedi dans leur mission et se sont même liés d'amitié avec eux. Toute cette série de Commandants clone ont été entraînés par Alpha (A-17) un Soldat ARC (Advanced Recognition Commando) dont la réputation n'est plus à faire. Les commandants clones ont reçu en plus de leur entraînement de base des simulations intensives ordonnées par alpha, afin que les commandants ne soient pas désorientés par les situations critiques.
La plupart des Commandants clone arboraient des signes distinctifs de leur rang. Certains commandants comme Cody, Neyo ou encore Odd ball possédaient des casques modifiés, d'autres commandants des jumelles Macrobinoculaires (Bly, Deviss,) d'autres encore des armures modifiées.